Die Wurzeln der Theologischen Fakultät reichen bis in das 16. Jahrhundert zurück. Damit ist die Theologische Fakultät Luzern die älteste katholisch-theologische Lehr- und Forschungsinstitution in der Schweiz. 

Auf Ersuchen namhafter Luzerner Persönlichkeiten entsandte Papst Gregor XIII. im Jahr 1574 die ersten Jesuiten nach Luzern mit dem Ziel, eine Schule zu gründen. 

Am 1. Juli 1600 wurde mit der Einführung von höheren Studien in Philosophie und Theologie das Fundament für die Hochschule gelegt. Nach Auflösung der Gesellschaft Jesu im Jahr 1773 wurde das Kolleg durch den Kanton Luzern übernommen; aus der kirchlichen Institution wurde eine staatliche.

Nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil erfolgte ein zeitgemässer Ausbau der Theologischen Hochschule. Im April 1970 hat der Heilige Stuhl das kirchliche Recht zuerkannt, akademische Grade zu verleihen (Lizentiat, Doktorat und Habilitation). Dieses Recht ist ebenfalls staatlich anerkannt.

1985 wurde ein Lehrstuhl für Philosophie und Geistesgeschichte und damit auch die Grundlage für die Errichtung des Philosophischen Instituts geschaffen.

1993 wurde aus dem Philosophischen Institut und dem Lehrstuhl für Religionswissenschaft die Geisteswissenschaftliche Fakultät gebildet; es entstand eine universitäre Hochschule mit zwei Fakultäten. Diese Struktur blieb bestehen bis zur erfolgreichen Volksabstimmung über das Universitätsgesetz am 21. Mai 2000. Seither ist die Theologische Fakultät Teil der jüngsten Schweizer Universität mit ihren drei Fakultäten.

(Quellenangabe: Weitlauff, Manfred: Luzern, Theologische Fakultät, in: Theologische Realenzyklopädie; Sonderdruck; Band XXI; Berlin, New York 1991, S. 630–634.)