Das Departement Gesundheitswissenschaften und Medizin ist in drei eng kooperierenden Fachbereichen organisiert: Gesundheitswissenschaften und Gesundheitspolitik, Medizin sowie Rehabilitation. Das neue Departement entstand am 1. August 2019 aus der Umwandlung des Seminars für Gesundheitswissenschaften und Gesundheitspolitik der Kultur- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät. Es ist direkt dem Rektor unterstellt.

Der Fachbereich Gesundheitswissenschaften und Gesundheitspolitik befasst sich mit der Erforschung von Gesundheit definiert als Funktionsfähigkeit sowie der optimalen Organisation des Gesundheitssystems auf allen Ebenen. In der Ausbildung bietet das Departement einen Master in Gesundheitswissenschaften (MSc Health Sciences), ein Doktorierendenprogramm sowie ein Programm für Post-Docs an. Der Bereich leitet eine interuniversitäre Forschungsplattform, das "Swiss Learning Health System", welche von swissuniversities, der Rektorenkonferenz aller Hochschulen, getragen ist.

Der Fachbereich Medizin befasst sich im Rahmen der klinischen Wissenschaften mit Diagnose und Therapie von Krankheiten sowie der optimalen klinischen Leistungserbringung. In der Lehre bietet der Fachbereich den Joint Master Medizin in Kooperation mit der Universität Zürich an. Die Ausbildung erfolgt bei den klinischen Partnern in der Zentralschweiz, welche das Luzerner Kantonsspital (LUKS), die Luzerner Psychiatrie, das Institut für Hausarztmedizin und Community Care, das Schweizer Paraplegiker-Zentrum (SPZ) sowie die Hirslanden Klinik St. Anna umfassen. Zudem bietet das Departement in enger Kooperation mit dem Luzerner Kantonsspital den Weiterbildungsstudiengang "CAS Palliative Care" an. Im Bereich der Forschung betreibt der Fachbereich eine Clinical Trial Unit (CTU) in Kooperation mit dem SPZ sowie dem LUKS. Die CTU ist eine wissenschaftliche Plattform mit standardisierten Prozessen zur Durchführung von klinischen Studien gemäss ethischen und wissenschaftlichen Kriterien.

Der Fachbereich Rehabilitation befasst sich mit der Frage der optimalen Organisation des Gesundheits-, aber auch des Sozial- und Arbeitssystems mit dem Ziel der Optimierung der Funktionsfähigkeit von Menschen mit einer Krankheit, nach einem Unfall und beim Älterwerden. In diesem Bereich arbeitet das Departement eng mit der Schweizer Paraplegiker-Forschung in Nottwil, der einzigen ausseruniversitären Forschungsinstitution in der Zentralschweiz, zusammen. Die wissenschaftlichen Aktivitäten des Fachbereichs sind im neuen Center for Rehabilitation in Global Health Systems, welches seit 2019 auch Kooperationszentrum der Weltgesundheitsorganisation ist, koordiniert.

Das Departement ist das akademische Zentrum eines Netzwerkes mit Partnern im Gesundheitssektor im Kanton Luzern. Dazu gehören die Schweizer Paraplegiker-Forschung und das Paraplegiker-Zentrum in Nottwil, das Luzerner Kantonsspital, die Luzerner Psychiatrie, das Institut für Hausarztmedizin und Community Care und die Hirslandenklinik St. Anna. Auf internationaler Ebene arbeitet das Departement unter anderem mit der Weltgesundheitsorganisation zusammen.